Hasta la versión actual, las mercancías de los documentos EMCS se han codificado utilizando una clasificación de Epígrafes, que es distinta a la usada en las mercancías de documentos internos o nacionales (la usada en los documentos 500 internos). A partir de la versión 3.0 se hace obligatorio en los documentos EMCS registrar ambas clasificaciones de Epígrafe, la específica del EMCS y también la nacional.

En los documentos EMCS emitidos se añade a la ventana de las mercancías de los documentos EMCS un nuevo campo "Epígrafe Nacional". Este nuevo campo es obligatorio y se debe rellenar con la clasificación de epígrafes nacionales. Una vez que actualicemos a la versión 3.0 del Programa de Ayuda EMCS, no sólo al añadir documentos nuevos, sino también al modificar cualquier documento ya existente, exigirá para salvar que rellenemos el "Epígrafe Nacional" de las mercancías.

En los documentos EMCS recibidos, se añaden a la ficha de las mercancías recibidas dos campos para recoger los códigos nacionales de epígrafe de los productos recibidos y las cantidades que aceptamos de cada uno. Existen dos campos de "epígrafe nacional – cantidad aceptada" porque en determinadas partidas un único producto "EMCS" puede requerir un desglose en dos epígrafes "nacionales", aunque esto suele ser bastante raro y limitado a determinados productos del tabaco. Generalmente sólo rellenaremos el primer campo de "epígrafe nacional".